Sistem penjaminan mutu adalah proses penetapan dan pemenuhan standar pengelolaan secara konsisten dan berkelanjutan sehingga konsumen, produsen dan pihak lain yang berkepentingan memperoleh kepuasan. Sistem penjaminan mutu STIKes Muhammadiyah Cirebon dilakukan secara bertahap, sistematis, terencana, dan terarah, dijalankan oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM).

LPM STIKes Muhammadiyah Cirebon menyusun program penjaminan mutu baik akademik maupun non akademik yang memiliki arah target dan kerangka waktu yang jelas. Muara dari penjaminan mutu tersebut adalah terwujudnya budaya mutu dalam pelaksanaan kegiatan rutin keseharian segenap sivitas akademika, sehingga dapat meningkatkan kemampuan institusi untuk menciptakan stabilitas, kapabilitas, akuntabilitas, serta melakukan pengawasan untuk mempertahankan dan meningkatkan kualitas penyelenggaraan pendidikan STIKes Muhammadiyah Cirebon.

Penjaminan Mutu STIKes Muhammadiyah Cirebon berawal dari penjaminan mutu STIKes Muhammadiyah Cirebon yang berdiri pada tahun 2012. Penjmainan mutu ini bermula dari Unit Penjaminan Mutu sebagai pelaksana kegiatan penjaminan Mutu Internal dengan SK No 007/Kep/III.3-AUM/A/2012. Unit Penjaminan Mutu sudah berada pada generasi ke-3 periode 2021 – 2025.